胃癌是我国常见的恶性肿瘤，高居我国村庄地区发病率与出世率的首位，老火损害民众健康。胃癌的发生发火与慢性胃炎存在紧密亲密联系关系，炎癌转化是一个暂时、繁杂进程。若何揭示炎癌转化的内在机制，战胜胃炎向胃癌转化，这是突破肿瘤“提防难、发现晚”防控难点的一个环节，对于胃癌防治存在重大意思。
清华大学踊跃化系、信息国度钻研中心李梢课题组致力于从“生物网络”这一琐屑的角度研讨胃癌发生气希望制和中西医诊疗原理。课题组开展了胃癌前病变患者的中西医全面诊察、且自监测和多组学检测，并采用自立研制的高精度网络赏析算法，率先构建出胃炎癌转化的多档次生物Internet，发现了胃炎寒热证生物分子网络、寒热证舌苔菌群网络（Sci Rep 2012, 2013），创设了炎癌转化静态网络演变与肿瘤预警模子（Cancer Research 2017），找到靶向炎癌转化分子网络的中药活性成份(ACS Synthetic Biology封面论文 2019，Cancers 2018)。近来还初度解析胃癌前病变和早期胃癌的单细胞转录组Internet，发现了胃癌极晚期细胞标识表记标帜物（Cell Reports 2019），被国外权势巨子学术评估机构F1000评价为最高品级的“精彩（Exceptional）”论文。
在上述系列研讨的底子上，李梢课题组进一步摸索胃炎癌转化的无损检测标志物，并取得可喜进展，发现了有助于监测胃炎癌转化的舌苔菌群标志物，组成了“智能预警—无损检测—极早诊断—精准防治”的肿瘤防控新策略，并提出了基于生物Internet的肿瘤精准医学。论文分袂颁发于2019年7月的Protein & Cell（IF=7.575）与8月的Cancer Letters（IF=6.508）。
中医认为“舌苔由胃气所生”。经由观测舌苔来武断机体更动是中医舌诊的必要组成一部分，然而其与疾病发生发展的关联尚不清晰。自2012年率先采用16S rRNA基因测序检测差距中医证候胃炎患者的舌苔菌群、构建出寒热证舌苔菌群网络以后，李梢课题组与清华大学张学工传讲课题组互助，初度接纳宏基因组测序办法检测了50例康健人与78例不合阶段胃炎患者的舌苔微生物组，单方面刻划了舌苔菌群在胃炎进行进程中的变更，构建出胃炎关连的舌苔菌群物种网络和基因违拗Internet。基于菌群物种Internet，发现胃炎患者的舌苔菌群多样性显明消沉，11种微生物在胃炎患者中明明削减，10种微生物在胃炎患者中明明增进，且增进的微生物之间具有较强干系性。在Internet中还鉴定出一种与胃炎分期明明干系的扼要弯曲杆菌（Campylobacter concisus），这类菌的丰度在正常到浅表、萎缩性胃炎、肠化历程中逐渐抬高，且该菌在机制上可惹起宿主免疫反馈。基于基因机能Internet，发现抗生素合成、鞭毛装配、细菌趋化性等通路在胃炎病人中显著上调。研究表白，舌苔菌群在胃炎发展进程中发生发火显明扭转，无望成为一种源自中医、非侵入式、适于长时间监测胃炎癌转化的新型生物符号物。该钻研造诣颁发于2019年7月的Protein & Cell，博士生崔佳星、崔鸿飞为论文共同第一作者，李梢、张学工为一同通讯作者。简明蜿蜒杆菌在胃炎发展中的作用已要求发明专利。
图1 胃炎相关舌苔菌群网络和菌群标识表记标帜物
图2 胃炎患者中显然篡改的舌苔微生物物种
图3 基于生物网络的肿瘤精准医学示意图
鉴于李梢课题组在肿瘤发生发火生物网络上的系列钻研搁浅，海外无名肿瘤刊物Cancer Letters特邀其撰写述评文章。李梢课题组在论文中提出了“基于生物网络的肿瘤精准医学：一种新兴的范式”。文章指出，肿瘤在机制上的繁杂性是难以监测、难以防治的须要原由。从生物Internet的角度细碎摸索肿瘤发生发火进行机理，无望拓展对肿瘤机制的集团明确，从而实现精准避免、诊断和治疗。基于生物网络的肿瘤精准医学，其核心是瓜分微观与微观的多品位网络整合框架，以及Internet生物标识表记标帜物发现、肿瘤临床分层、网络靶标识别、网络药理学综合等。该研讨模式夸诞从“单基因、单靶点”向“生物网络、Internet靶标”跃进，有助于组成肿瘤精准医学的新策略，还能在生物Internet的根抵上跟尾疾病与中医证候，促进中西医学的融合进行。自动化系博士生谭艾迪为本文第一作者，李梢为通信作者。
上述研究效果失掉了国家人造科学基金重点工程、国度人造科学基金宏大钻研意图集成工程等的赞助。
论文出处：
Cui J, Cui H, Yang M, Du S, Li J, Li Y, Liu L, Zhang X, Li S. Tongue coating microbiome as a potential biomarker for gastritis including precancerous cascade. Protein & Cell 2019;10(7):496–509
https://link.springer.com/article/10.1007/s13238-018-0596-6
Tan A, Huang H, Zhang P, Li S. Network-based cancer precision medicine: a new emerging paradigm. Cancer Letters 2019;458;39-45
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0304383519303106
原题目：清华李梢组发现胃炎舌苔菌群符号物，提出基于生物网络的肿瘤精准医学
本文本源自生物谷，更多资讯请下载生物谷APP(http://www.bioon.com/m/)
